Profiling of the T cell response towards SARS-Cov-2 in COVID19 patients

Google Translate: In connection with SARS-CoV2 (severe acute respiratory syndrome coronavirus 2) infections, a close connection is seen between the severity of the infection and immunogenicity in relation to the development of SARS-CoV2. Therefore, we need to quickly clarify and understand the immunogenic T-cell antigens in COVID19 infections and their consequences for the intensity of activation of the immune response in the patient. The elucidation of these T-cell antigens both new and shared T-cell epitopes can provide knowledge that enables the development of an effective vaccine against SARS-CoV2 and thereby could in the long run slow down the pandemic. The identification of these T cell epitopes requires mapping of the SARS-Cov2 genome, and at the same time a robust platform for detecting and characterizing T cells. In our project, we have access to a thoroughly tested and well-tested setup which enables us in a sample to screen for T-cell recognition for over> 1000 possible T-cell epitopes. Furthermore, we will clarify which areas of SARS-CoV2 are recognized by the T cells of the immune system. We will clarify what role these T cells play in fighting the infection. The project is set up with progression tests, which will also make it possible to follow the T-cell reaction over time throughout the infection. Taken together, we will look at how all of these factors influence the severity of disease] I forbindelse med SARS-CoV2 (severe acute respiratory syndrome coronavirus 2) infektioner ses en tæt sammenhæng mellem sværhedsgraden af infektionen og immungenicitet i forhold til udviklingen af SARS-CoV2. Derfor har vi behov for hurtig at få afklaret og forstå de immunogene T-celle antigener ved COVID19 infektioner og deres konsekvenser for intensiteten af aktivering af immun reaktionen hos patienten. Afklaringen af disse T-celle antigener både nye og delte T-celle epitoper kan give viden som muliggør udviklingen af en effektiv vaccine mod SARS-CoV2 og derved på sigt kunne bremse pandemien. Identifikationen af disse T-celle epitoper kræver kortlægning af SARS-Cov2 genome, og samtidig en robust platform til at detektere og karakterisere T-celler. I vores projekt har vi adgang til et gennemtestet og velafprøvet setup som muliggør at vi i en prøve kan screene for T-celle genkendelse for over >1000 mulige T-celle epitoper. Ydermere vil vi afklare hvilke områder SARS-CoV2 som genkendes af immunforsvarets T-celler. Vi vil afklare hvilke rolle disse T celler spiller i bekæmpelse af infektionen. Projektet er sat op med forløbsprøver hvilket også vil muliggøre at følge T-celle reaktionen over tid igennem infektionen. Samlet vil vi se på hvordan alle disse faktorer influere på sygdommes sværhedsgrad